Passei por essa experiência, estive com um saldo na conta da empresa negativo, e utilizando-o como uma espécie de "crédito rotativo", acontece que isso não é planejado para essas coisas. Você sempre volta para o vermelho e acaba pagando porcentagens muito maiores ao banco.
A melhor solução é ir até um gerente e negociar logo esse saldo, peça para fazer uma dedução mensal, tente buscar um valor que seja proporcional ao que você pagava por mês para manter o tal "limite", assim não sofrerá tanto com a mudança.